Nicholas Loman在Nature Biotechnology发了一篇文章，综合比较了三个小型测序仪，454 GS Junior (Roche), MiSeq (Illumina) and Ion Torrent PGM (Life Technologies)，并且接受了Nature的采访。

小型测序仪一般只有台式电脑大小，价格便宜、操作简单，但通量相对较小，一般用于重测序和小基因组或基因组片段的de novo测序。（BTW, 我们实验室有一台MiSeq）

正如Nicholas Loman所说，这三个测序仪都有各自的优缺点。PGM单位时间内通量高；MiSeq每个run通量高；MiSeq错误率低，454可读取最长的序列片段但通量低；PGM和454在测重复序列时容易出错，且多次重复测序仍然无法消除；MiSeq整体稳定性和质量较好。价格方面没有透露。我所了解到的是MiSeq比PGM高一点，454最贵，但PGM更新换代花费少，只需要更新一个芯片。

但是话又说回来了，现在测序技术发展非常快，远远超过了电脑行业的所谓摩尔定律。别看现在Illumina笑傲群雄，Ion Torrent正快速追赶，加上Nanopore技术的异军突起，估计会各领风骚几年。