基因组数据爆炸式地增长，带来计算上极大的困难，让超级计算机也捉襟见肘。要解决起来，一方面是软件，包括算法的优化和数据压缩技术等；另一方面是硬件，GPU计算、云计算等等。

前一段时间看到华大网站上SOAP系列的软件都了GPU的版本，现在wired出了篇通讯，报道华大用GPU加速基因组数据分析。面向大众的，没有什么专业术语，有兴趣的看看。

Chinese Crunch Human Genome With Videogame Chips

主要讲的是：世界最大基因测序中心华大基因（BGI）和NVIDIA合作将基因分析工具移植到NVIDIA的GPU架构，将基因组分析时间降低一个数量级。以前分析个人的基因组数据需要4天，现在缩短到6小时。

另外：genome research新出一篇论文，说是序列质量比不同拼接软件对拼接结果影响要大。顿时让我联想到种种关于下一代测序技术的论文和报道。下一代测序技术的开发和应用，看似如火如荼，其实非常不成熟，问题很多，还很难用此测序技术做出突破性的新发现。不过，话说回来，不成熟，有问题，很多人都在关注，正好说明了可以做一些东西，且能灌几篇高IF的水文（虽然在科学上不算什么新突破）。