Bioops

Bioinformatics=(ACGAAG->AK)+(#!/bin/sh)+(P(A|B)=P(B|A)*P(A)/P(B))

本地blast

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1.Blast程序下载和安装 ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/release/LATEST在该目录中选择需要的blast程序，下载.
windows用户: 双击，在该文件所在目录下会生成一系列文件。在c:windows下创建名为NCBI.ini的配置文件，用记事本写入：

[NCBI]
Data ="pathdata"

（注意：path代表你电脑上blast的安装目录）

Linux 用户:直接解压

2.下载数据库 ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/ 也可以用fasta文件创建自己的数据库

3.格式化数据库 windows用户: 进入cmd，使用cd /d 命令打开blast程序所在文件夹。
linux用户，也需要在终端内进入/blast/bin/ 文件夹, 也可使用export PATH=$PATH:/path/to/blast/bin/ 省去进入blast文件夹
输入：formatdb -i databasename -p F -o T
databasename表示自己选择的数据库（最好使用绝对路径）
-i input file 参数用于指定需要格式的数据库
-p type of file 用于指定文件类型，T 为蛋白质，F为核酸，默认为 T
-o parse options 用于指定是否解析序列ID并创建索引 T 为创建，F为不创建，默认为F。如果不用T，会提示[NULL_Caption] WARNING: “inputseq”: Could not find index files for database “databasename”
可以输入formatdb –help 来获取相关参数的解释和帮助。

4.blastall windows用户: 进入cmd，使用cd /d 命令打开blast程序所在文件夹。
linux用户，也需要在终端内进入/blast/bin/ 文件夹。
输入：blastall -p blastn -d databasename -i inputfile -o outputfile
-p program name 为需要使用的程序名
blastn 为核酸序列对比搜索
blastp 为蛋白质序列对比搜索
blastx 为用被翻译的核酸序列在蛋白质数据库中搜索
tblastn 为 用蛋白质序列在 [核酸序列翻译后数据库] 中搜索
tblastx 为用翻译后的核酸序列 在 核酸序列翻译后数据库中搜索
可以输入blastall - 来获取相关参数的解释和帮助。
-d databasename 指定所使用的数据库名称
-i inputfile 待搜索的序列文件（最好使用绝对路径）
-o outputfile 指定保存结果的文件（最好使用绝对路径）

注：通过Perl 脚本实现本地化运行BLAST

local_blast.pl
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#!/usr/bin/perl -w
$formatdb = "blastpath/formatdb";
$blastall="blastpath/blastall";
$database="database path";
$input="inputfile path";
$output="outputfile path";
$system_check=system("$formatdb -i $database -p F -o T");
$system_check=system("$blastall -p blastn -d $database -i $input -o $output");
#windows用户注意：路径中目录必须用“/”，而不是widows常用的“”;
#前面所说的文件路径一律用“”。linux用户无视.

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