Bioops

Bioinformatics=(ACGAAG->AK)+(#!/bin/sh)+(P(A|B)=P(B|A)*P(A)/P(B))

用perl操作Clustalw进行多序列比对

| Comments

#multiple sequences alignment (using Clustalw)

Windows下用perl来操作ClustalW进行多序列比对并读取分析其结果
首先要下载clustalw ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/clustalw2/2.0.11/clustalw-2.0.11-win.msi 安装后，可以直接运行，通过命令行格式的输入来进行多序列比对，具体实现过程可参见其帮助文件。
这里重点描述在windows下，如何用perl来操作ClustalW。
代码如下

run_clustalw.pl
1
2
3
4
5

my $aln='s1.fa'; #需要输入的序列文件，多个序列必须在一个文件中。
my $clustalw = "d:/ClustalW2/clustalw2"; #clustalw的安装路径
my $tempoutput='aa.aln'; #输出文件
my $system_check=system("$clustalw -KTUPLE=2 -INFILE=$aln -OUTFILE=$tempoutput");
#实现比对，具体参数设置可参考clustalw的帮助文件中的help 9

Comments