1，统计一个序列文件中的序列个数（grep用好了可以非常快捷方便地处理一些数据）

grep -c '>' seqfile

2, 查看大文件头几行或最后几行

head seqfile
tail seqfile

3，文件行数

wc -l seqfile

4，矩阵格式的文件，提取其中的某几列（例如blast -m 8）

 cut -f 1,2,11 seq.cblast > seq.abc

5，awk和sed

先学的perl，后知道awk和sed，认识到很多事情用awk和sed解决比写perl脚本方便多了

比如fastq转换fasta文件：

awk ‘NR % 4 == 1 || NR % 4 == 2′ myfile.fastq | sed -e ‘s/@/>/’ > myfile.fasta

6，screen管理远程任务，可以在远程会话断开后继续在后台运行，详见此文。

7，vi/vim就不必细说了，编程必备。(emacs党自动替换成emacs)

8，暂时就这么多了。好长时间没做过东西了。等用到或者想到了再加。