vi ~/.vimrc

" 在文件中写入以下设置

" 设置显示行号
set nu

" 设置tab的长度为4
set tabstop=4 

" 打开状态栏标尺
set ruler

" 突出当前行
set cursorline

" 自动语法高亮
syntax on

保存退出后即可生效

grep -c '>' seqfile

head seqfile
tail seqfile

wc -l seqfile

 cut -f 1,2,11 seq.cblast > seq.abc

先学的perl，后知道awk和sed，认识到很多事情用awk和sed解决比写perl脚本方便多了

比如fastq转换fasta文件：

awk ‘NR % 4 == 1 || NR % 4 == 2′ myfile.fastq | sed -e ‘s/@/>/’ > myfile.fasta

7，vi/vim就不必细说了，编程必备。(emacs党自动替换成emacs)

8，暂时就这么多了。好长时间没做过东西了。等用到或者想到了再加。

rpm -qa | grep vnc

2、

env

3、

ifconfig

4、

vncserver:10

5、

vi /home/user/.vnc/xstartup

6、root权限

vi /etc/sysconfig/vncservers

7、root权限

vi /etc/sysconfig/iptables

8、修改selinux

vi /etc/selinux/config

9、root

service xinetd restart
service iptables restart
chkconfig --level 345 vncserver on//开机自启动
service vncserver restart

10、VNC黑屏问题
将黑屏用户的xstartup（一般为：/home/user用户名称/.vnc/xstartup）文件的属性修改为755（rwxr-xr-x）.

chmod 755 /home/user/.vnc/xstartup

service vncserver restart

格式： mysql -h主机地址 -u用户名 －p用户密码

1、例1：连接到本机上的MYSQL。

首先在打开DOS窗口，然后进入目录 mysqlbin，再键入命令mysql -uroot -p，回车后提示你输密码，如果刚安装好MYSQL，超级用户root是没有密码的，故直接回车即可进入到MYSQL中了，MYSQL的提示符是：mysql>

2、例2：连接到远程主机上的MYSQL。假设远程主机的IP为：110.110.110.110，用户名为root,密码为abcd123。则键入以下命令：

mysql -h110.110.110.110 -uroot -pabcd123

（注:u与root可以不用加空格，其它也一样）

3、退出MYSQL命令： exit （回车）

other:

Use yum to install both mysql command line tool and the server:
yum -y install mysql mysql-server
Enable the MySQL service:
/sbin/chkconfig mysqld on
Start the MySQL server:
/sbin/service mysqld start
Set the MySQL root password:
mysqladmin -u root password 'new-password'The quotes around the new password are required.
log on mysql:
mysql -h 127.0.0.1 -u user_name -p
mysqld --basedir=/ --datadir=/usr/local/mysql/data --user=mysql --pid-file=/usr/local/mysql/data/RFSIM.pid --skip-external-locking --port=3306 --socket=/tmp/mysql.sock

出现”/var/lib/mysql/mysql.sock“不存在的解决方法
=======

出现”/var/lib/mysql/mysql.sock“不存在的解决方法
>>>>>>> d80cd8fa3e1fb5461144707ba04f7385ec6726a7:category/linux/atom.xml 1、
创建/修改文件 /etc/my.cnf，至少增加/修改一行
[mysql]
[client]
socket = /tmp/mysql.sock
#在这里写上你的mysql.sock的正确位置，通常不是在 /tmp/ 下就是在 /var/lib/mysql/ 下
2、
指定IP地址，使用tcp方式连接mysql，而不使用本地sock方式
#mysql -h127.0.0.1 -uuser -ppassword
3、
为 mysql.sock 加个连接，比如说实际的mysql.sock在 /tmp/ 下，则
#ln -s /tmp/mysql.sock /var/lib/mysql/mysql.sock即可

二、修改密码。

格式：mysqladmin -u用户名 -p旧密码 password 新密码

1、例1：给root加个密码ab12。首先在DOS下进入目录mysqlbin，然后键入以下命令

mysqladmin -uroot -password ab12

注：因为开始时root没有密码，所以-p旧密码一项就可以省略了。

2、例2：再将root的密码改为djg345。

mysqladmin -uroot -pab12 password djg345

三、增加新用户。（注意：和上面不同，下面的因为是MYSQL环境中的命令，所以后面都带一个分号作为命令结束符）

格式：grant select on 数据库.* to 用户名@登录主机 identified by “密码”

例1、增加一个用户test1密码为abc，让他可以在任何主机上登录，并对所有数据库有查询、插入、修改、删除的权限。首先用以root用户连入MYSQL，然后键入以下命令：

grant select,insert,update,delete on *.* to test1@”%” Identified by “abc”;

格式：grant select on 数据库.* to 用户名@登录主机 identified by “密码”

例1、增加一个用户test1密码为abc，让他可以在任何主机上登录，并对所有数据库有查询、插入、修改、删除的权限。首先用以root用户连入MYSQL，然后键入以下命令：

grant select,insert,update,delete on *.* to test1@”%” Identified by “abc”;

但例1增加的用户是十分危险的，你想如某个人知道test1的密码，那么他就可以在internet上的任何一台电脑上登录你的mysql数据库并对你的数据可以为所欲为了，解决办法见例2。

例2、增加一个用户test2密码为abc,让他只可以在localhost上登录，并可以对数据库mydb进行查询、插入、修改、删除的操作（localhost指本地主机，即MYSQL数据库所在的那台主机），这样用户即使用知道test2的密码，他也无法从internet上直接访问数据库，只能通过MYSQL主机上的web页来访问了。

grant select,insert,update,delete on mydb.* to test2@localhost identified by “abc”;

如果你不想test2有密码，可以再打一个命令将密码消掉。

grant select,insert,update,delete on mydb.* to test2@localhost identified by “”;

grant select,insert,update,delete on mydb.* to test2@localhost identified by “abc”;

如果你不想test2有密码，可以再打一个命令将密码消掉。

grant select,insert,update,delete on mydb.* to test2@localhost identified by “”;

在上篇我们讲了登录、增加用户、密码更改等问题。下篇我们来看看MYSQL中有关数据库方面的操作。注意：你必须首先登录到MYSQL中，以下操作都是在MYSQL的提示符下进行的，而且每个命令以分号结束。

一、操作技巧

1、如果你打命令时，回车后发现忘记加分号，你无须重打一遍命令，只要打个分号回车就可以了。也就是说你可以把一个完整的命令分成几行来打，完后用分号作结束标志就OK。

2、你可以使用光标上下键调出以前的命令。但以前我用过的一个MYSQL旧版本不支持。我现在用的是mysql-3.23.27-beta-win。

二、显示命令

1、显示数据库列表。

show databases;

刚开始时才两个数据库：mysql和test。mysql库很重要它里面有MYSQL的系统信息，我们改密码和新增用户，实际上就是用这个库进行操作。

2、显示库中的数据表：

use mysql； ／／打开库，学过FOXBASE的一定不会陌生吧

show tables;

3、显示数据表的结构：

describe 表名;

4、建库：

create database 库名;

5、建表：

use 库名；

create table 表名 (字段设定列表)；

6、删库和删表:

drop database 库名;

drop table 表名；

7、将表中记录清空：

delete from 表名;

8、显示表中的记录：

select * from 表名;

三、一个建库和建表以及插入数据的实例

drop database if exists school; //如果存在SCHOOL则删除 
create database school; //建立库SCHOOL 
use school; //打开库SCHOOL 
create table teacher //建立表TEACHER 
( 
id int(3) auto_increment not null primary key, 
name char(10) not null, 
address varchar(50) default '深圳', 
year date 
); //建表结束 
//以下为插入字段 
insert into teacher values('','glchengang','深圳一中','1976-10-10'); 
insert into teacher values('','jack','深圳一中','1975-12-23');

注：在建表中（1）将ID设为长度为3的数字字段:int(3)并让它每个记录自动加一:auto_increment并不能为空:not null而且让他成为主字段primary key（2）将NAME设为长度为10的字符字段（3）将ADDRESS设为长度50的字符字段，而且缺省值为深圳。varchar和char有什么区别呢，只有等以后的文章再说了。（4）将YEAR设为日期字段。

如果你在mysql提示符键入上面的命令也可以，但不方便调试。你可以将以上命令原样写入一个文本文件中假设为school.sql，然后复制到c:\下，并在DOS状态进入目录\mysql\bin，然后键入以下命令：

mysql -uroot -p密码 < c:\school.sql

如果成功，空出一行无任何显示；如有错误，会有提示。（以上命令已经调试，你只要将//的注释去掉即可使用）。

四、将文本数据转到数据库中

1、文本数据应符合的格式：字段数据之间用tab键隔开，null值用\n来代替.

例：

3 rose 深圳二中 1976-10-10

4 mike 深圳一中 1975-12-23

2、数据传入命令 load data local infile “文件名” into table 表名;

2、数据传入命令 load data local infile “文件名” into table 表名;

注意：你最好将文件复制到\mysql\bin目录下，并且要先用use命令打表所在的库。

五、备份数据库：（命令在DOS的\mysql\bin目录下执行）

mysqldump –opt school>school.bbb

注释:将数据库school备份到school.bbb文件，school.bbb是一个文本文件，文件名任取，打开看看你会有新发现。

后记：其实MYSQL的对数据库的操作与其它的SQL类数据库大同小异，您最好找本将SQL的书看看。我在这里只介绍一些基本的，其实我也就只懂这些了，呵呵。最好的MYSQL教程还是”晏子”译的”MYSQL中文参考手册”不仅免费每个相关网站都有下载，而且它是最权威的。可惜不是象”PHP4中文手册”那样是chm的格式，在查找函数命令的时候不太方便。

mysqldump –opt school>school.bbb

注释:将数据库school备份到school.bbb文件，school.bbb是一个文本文件，文件名任取，打开看看你会有新发现。

后记：其实MYSQL的对数据库的操作与其它的SQL类数据库大同小异，您最好找本将SQL的书看看。我在这里只介绍一些基本的，其实我也就只懂这些了，呵呵。最好的MYSQL教程还是”晏子”译的”MYSQL中文参考手册”不仅免费每个相关网站都有下载，而且它是最权威的。可惜不是象”PHP4中文手册”那样是chm的格式，在查找函数命令的时候不太方便。