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Bioinformatics=(ACGAAG->AK)+(#!/bin/sh)+(P(A|B)=P(B|A)*P(A)/P(B))

Windows下用perl操作bl2seq进行两序列比对

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run_bl2seq.pl
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#bl2seq是本地blast中的一个程序，用于两序列比对。
# Two sequence alignment (using bl2seq)
use strict;
use Bio::SearchIO;
#############################
#两个输入文件
my $seq1="m16.fa";
my $seq2="s11.fa";
#输出文件
my $tempoutput="bl2seq.txt";
#设置bl2seq的安装路径
my $bl2seq="D:/blast/bin/bl2seq";
#############################
system("$bl2seq -i $seq1 -j $seq2 -p blastn -F F -o $tempoutput -g T");
#具体参数设置可以参考blast的帮助文件
my ($result,$hit,$hsp);
#实现对比对结果的分析和提取
my $in = new Bio::SearchIO(-format => 'blast',
                           -file   => "$tempoutput");
while( $result = $in->next_result ) {
  while( $hit = $result->next_hit ) {
    while( $hsp = $hit->next_hsp ) {
      if( $hsp->length('total') > 1500 ) {
        #这里可以做很多相关分析，具体可以参考Bio::SearchIO的document
        if ( $hsp->percent_identity >= 80 ) {
          print "Hit= ",       $hit->name,
                ",Length=",     $hsp->length('total'),
                ",Percent_id=", $hsp->percent_identity, "n";
        }
      }
    }
  }
}

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